Nazilli, Ege Bölgesinin en eski yerleşim merkezlerinden birisidir. İlçe merkezinin ilk yerleşim yeri hakkında kesin bilgiler bulunmamaktadır. Ancak Karya bölgesinde kalan Menderes Vadisine Luvi'lerin yerleştiği bilinmektedir.
Bu bölgede ilk yerleşim merkezi Lidya'lıların kurduğu antik Mastavra kentidir. O dönemlerde bölgenin batısındaki İyonya kentlerinin ekonomik alanda gelişmesi ve kentin Ege ve Ön Asya ülkeleri arasındaki ticaret yolu (Hierapolis-Tripolis-Mas tavra-Nysa-Tralleis-Magnesia-Efes) üzerinde bulunması Nazilli yöresinin önem kazanmasını ve gelişmesini sağladı.
M.Ö. 546 'da Lidyalıları yenerek bu devleti ortadan kaldıran Persler bölgeye egemen oldular. Pers egemenliği sırasında bütün Batı Anadolu gibi bu yöre de Sard Satraplığına bağlı bulunuyordu.
M.Ö. 344 'de Büyük İskender bu bölgeyi Makedonya sınırları içine kattı. İskender'in ölümünden sonra bölge Roma egemenliği altına girdi. Bizans döneminde Afrodisias ve Harpasa (Arpaz) piskoposluk merkezi olmuştur.
Anadolu'nun Türkleşmesi sürecini başlatan Selçuklular, 1176'da Miryakefalon Savaşı'nı kazanınca Nazilli ve çevresi yepyeni bir uygarlık ve kültürün etkisi altına girdi. Selçuklular döneminde bu bölgeye ilk yerleşen Oğuz boylarına bağlı Gökhan, Dağhan, Gediklü, Haydarlı, Hoca-beyli, Kireges, Toygar, Alayuntlu, Kızıllar, Bayındır gibi oymaklar olmuştur. Türklerin Anadolu'ya yerleşmesi sonucu pamuk üretimi, genelde dokumacılık yapan bu oymak ve aşiretler tarafından en üst düzeye çıkarılmıştır.
Selçukluların son dönemlerinde Muğla ili dolaylarında kurulan Menteşe Beyliği Sultanhisar ve Nazilli yöresini 1280'de ele geçirdi ve daha sonra Birgi merkez olmak üzere Aydın oğulları Beyliğini kuran Aydınoğlu Mehmet Bey Nazilli bölgesini kendi beyliğine kattı.
Osmanlı Devleti zamanında ise Yıldırım Beyazıt 1390'da Nazilli yöresini ele geçirdi. 1402'de Timur'un, Yıldırım Beyazıt'ı Ankara Savaşında mağlup etmesinden sonra bu topraklar kısa bir süre için Timur kuvvetlerinin eline geçti. Osmanlı tahtına çıkan II. Murat Nazilli ve çevresini kesin olarak Osmanlı idaresi altına soktu.
Nazilli, Kurtuluş Savaşı döneminde çok önemli ve büyük görevler üstlenmiştir. Yunanlıların İzmir ve Aydın’dan sonra 3 Haziran 1919’da Nazilli’yi de işgal etmesinin ardından Yörük Ali Efe ve Demirci Mehmet Efe kuvvet birliği yaparak düşmana karşı birlikte hareket etme kararı almışlardır. Yörük Ali Efe’nin 15-16 Haziran 1919’da Sultanhisar’da yaptığı Malgaç baskınıyla Nazilli ve çevresinde Yunanlılara karşı ilk direniş hareketi başlatılmıştır. Yunanlılar, İngilizlerin baskıcı tutumu ve Türk birliklerinin Nazilli’ye saldırı düzenleyeceği yönündeki haberler sonucu ilçeyi boşaltmışlardır. Ancak 24 Haziran 1920’de düşman Nazilli’yi tekrar ele geçirmiş ve bunun sonucunda halk ilçeyi terk etmek zorunda kalmıştır. 27 ay düşman işgalinde kalan ilçe nihayet 5 Eylül 1922’de işgalden kurtulmuştur.